齐国旗在国海证券任职期间，推行差异化、特色化业务发展战略，提出要塑造公司独特市场定位与品牌辨识度。基于该战略导向，他集中资源和精力发展固定收益业务。

公开资料显示，国海证券2004年正式开始债券业务，当年亏损850万元，次年扭亏为盈，2007年业务收入突破亿元大关。2010年实现收入2.03亿元，收入贡献突破10%（为13.41%），成为国海证券的支柱业务之一。据悉，国海证券债券业务各项指标连续三年居行业前10。

2011年齐国旗曾接受证券时报专访，他表示公司固定收益业务以债券销售为突破口，以固定收益研究中心为依托，带动银行间债券市场交易和固定收益投资业务的全面发展，固定收益业务成为国海证券的特色业务、旗舰业务。

为提升公司展业效率及员工的积极性，齐国旗探索“准事业部制”。齐国旗接受上述专访时提到，国海证券在业内作为首批券商施行全成本核算，即在合规的前提下，公司将一定的人、财、物、考核、绩效分配等权力下放给业务部门，使他们拥有较高自主权。国海证券管理机制的改革吸引多个优秀团队加盟，公司投行业务排名一度提升至行业20名。

不过，值得注意的是，当公司风控体系建设未能与业务发展速度相匹配，则容易给后续业务埋下隐患，这也是当时行业在开展固收业务时面临的共性问题。后来国海证券进行全面排查风险隐患、全面整改重塑，通过组织架构体系改革和制度完善，进一步提升公司的合规风控和内控水平。