整个清查工作将围绕着国土资源部于2月12日印发的《城乡建设用地增减挂钩试点和农村土地整治清理检查工作方案》（国土发【2011】22号）而展开。该文件于1月26日由国土资源部提交给国务院，并在春节假期结束后的第一个工作日，2月9日得到温家宝总理的批示，“此项工作十分重要，要严格清理检查，严肃处理纠正，完善规章制度，加强监督管理，务求实效，不走过场。”

　　国土资源部总规划师胡存智介绍称，整个清查工作将分三个阶段进行，分别为各个地方的自查清理阶段（2月28日至3月31日），检查纠正阶段（4月1日至4月30日），以及抽查总结阶段（5月1日至5月30日）。

　　国土资源部会同有关部门组成检查组，在各地自查自纠的基础上进行抽查。对自查清理和纠正整改工作不力的，督促限期整改。而在限期整改期间暂停下达挂钩周转指标，暂停土地征收和农转用审批。

　　据了解，此次清查的范围将包括2006年以来各地开展增减挂钩试点和农村土地整治工作，以及以各种名义擅自开展建设用地置换等情况。为完成这项工作，国土资源部以成立清理检查工作办公室，胡存智将牵头办公室的工作。

　　国土资源部规划司司长董祚继向记者表示，从2006年起，国土资源部一共向地方下发了四批共计73万亩增减挂钩指标，总量比较小，对全局影响也有限，从目前掌握的情况来看，部属的试点地区运转整体良好，但也出现了一些不规范的问题。

　　而出问题比较多的地方，则存在于各地擅自开展建设用地置换，其规模没有纳入管理，其操作方式也存在诸多问题。而这部分将是此次清查工作的重点。对于各地擅自开展的置换项目的总量，董祚继表示要在第一阶段结束之后才能大体掌握情况。